Trong suốt 20 năm cộng tác và làm việc ở Việt Nam, ông Masanari đã có nhiều công trình nghiên cứu khảo cổ rất có giá trị. Ông là người phát hiện ra mảnh khuôn đúc trống đồng duy nhất từ trước đến nay, có niên đại khoảng thế kỷ 1 đến thế kỷ 3 sau Công nguyên. Điều này đã chứng tỏ rằng, trống đồng được đúc ra từ chính Việt Nam, chứ không phải từ nơi khác mang đến[1][2][6].

Ông còn là người có công đóng góp cho việc xây dựng Bảo tàng gốm Kim Lan và Dương Xá nằm tại Bắc Ninh. Ông cùng những đồng nghiệp khảo cổ Việt Nam đã phát hiện các khuôn đúc mũi tên tại Luy Lâu, nhằm chứng tỏ mũi tên có niên đại từ thời kỳ An Dương Vương và đã được sản xuất tại Việt Nam thời xưa[2][6].

Tiến sĩ Masanari đã tham gia nhiều chương trình khác như nghiên cứu địa điểm 18 Hoàng Diệu, Hà Nội, tham gia nghiên cứu thành nhà Hồ, trống đồng Đông Sơn. Ông cũng là người góp phần giới thiệu phương pháp "khảo cổ học bình dân" cho mọi người biết cách bảo tồn lưu giữ di chỉ khảo cổ. Ông cũng tham gia đào tạo và hướng dẫn các nghiên cứu trẻ của Viện khảo cổ học và các địa phương.

Ông Nishimura Masanari đã nghiên cứu về Hoàng thành Thăng Long, di vật đời Lý – Trần; đến Tây Đô (Thanh Hóa). Những nghiên cứu hữu ích của ông đã góp phần để UNESCO công nhận ngôi thành đá độc đáo này là Di sản Văn hóa thế giới[1]